继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
演员：乔丹·皮尔 莱斯莉·米尔扎 莎琳·费迪南德 皮特·格兰特 亚当·斯塔福德 哈米莎·威尔希尔 梅兰妮·罗斯·威尔逊 约翰·赵 史蒂文·元 艾莉森·托尔曼 雅各布·特伦布莱 克里斯·奥多德 桑娜·莱瑟 亚当·斯科特 库梅尔·南贾尼 迈克尔·丹尼斯 戴姆森·伊德瑞斯 埃丽卡·特伦布莱 泰莎·法米加 蕾亚·塞洪 卢克·柯比 伊克·巴里霍尔兹 莎姬·贝兹 贝蒂·加布里埃尔
热度：316°C
演员：凯瑞·穆里根 比莉·派佩 妮可拉·沃克 约翰·西姆 杰妮·斯巴克 海莉·斯奎尔斯 阿德 马克·普雷斯顿 本·迈尔斯 欧拉·布莱蒂 约翰·赫夫南 罗伯·贾维斯 罗伯特·波特尔 理查德·麦凯布 布莱恩·威纳尔 托尼·威 山姆·奥图 阿里克斯·瑞德 马克·坎巴斯 雅基·波特斯万 艾德里安·鲁基斯 萨斯基亚·里维斯 玛雅·珊萨 希沃恩·麦克斯维尼
热度：343°C